У зародку ектодерма утворюється одночасно з ентодермою і формується із зовнішнього шару зародкових клітин. Ектодерма формує нервову систему (у хребетних: спинний мозок, периферичні нерви та головний мозок), зубну емаль та епідерміс (шкірний епітелій).

У первинноротих ентодерма вистилає порожнину первинної кишки, з неї утворюється середня кишка та всі її додаткові залози. У вторинноротих утворює внутрішній шар кишкової трубки. У хребетних з ентодерми розвивається слизова оболонка всього кишечника та пов'язані з ним залози (печінка, підшлункова залоза та ін).

З ектодерми утворюється шкірний покрив (епідерміс) та нервова система. З ентодерми утворюється кишечник – точніше, травний тракт – і органи, що розвиваються як його вирости, наприклад, печінка. З мезодерми, як правило, утворюються опорно-рухова, кровоносна та видільна системи.

Із самого зовнішнього шару клітин – ектодерми — утворюються покривні тканини та нервова система. Похідні ектодерми виконують в основному покривну та чутливу функції.